Trotzdem sie gezielt als Arbeitshunde gezüchtet und vor allem extremen Wetterbedingungen gegenüber robust sind, neigt auch diese Rasse zu speziellen Gesundheitsproblemen. Hierzu gehören vor allem Hautprobleme, Hüftdysplasien, sowie Augenerkrankungen, die teils bereits in den vererbten Genen hinterlegt ist
Für den Husky einzigartig ist auch die Alaskan-Husky-Enzephalopathie, die besonders in den ersten Lebensjahren beim Husky auftreten kann. Sie ist eher selten, aber tritt nur beim Alaskan Husky auf. Die Erkrankung sorgt für Störungen im zentralen Nervensystem, was sich bereits im Welpenalter in Form von Schluckstörungen, Verhaltensänderungen, Schmerzempfindlichkeit oder auch Gangstörungen zeigen kann. Leider gibt es für diese Erkrankung keine Heilung, weshalb die Erkrankung fortlaufend immer zum Tod führt.
Glücklicherweise ist diese Erkrankung sehr selten. Vor allem kann man die genetische Veranlagung für diese Erkrankung, die vererbbar ist, mit einem genetischen Blutbild festgestellt und somit in der Zucht vorbeugend ausgeschlossen werden.